Trình tự thực hiện:
Bước 1: Tổ chức tôn giáo khi thành lập tổ chức tôn giáo trực thuộc nộp hồ sơ  trực tiếp hoặc qua đường bưu điện tới đến Ban Tôn giáo - Sở Nội vụ tỉnh Ninh Bình; Địa chỉ: Số 19, đường Trần Hưng Đạo, phường Đông Thành, thành phố Ninh Bình, tỉnh Ninh Bình, trong giờ làm việc hành chính các ngày trong tuần theo quy định của Nhà nước (trừ ngày nghỉ, ngày lễ theo quy định).
  Cán bộ tiếp nhận hồ sơ, kiểm tra nội dung và tính pháp lý của hồ sơ:
- Trường hợp hồ sơ đầy đủ, hợp lệ thì viết phiếu hẹn trao cho người nộp;
- Trường hợp hồ sơ không đầy đủ, không hợp lệ thì hướng dẫn người nộp bổ sung, hoàn thiện theo quy định.
Bước 2: Sở Nội vụ (Ban Tôn giáo) phối hợp với các cơ quan liên quan thẩm định văn bản, trình Ủy ban nhân dân tỉnh quyết định.
Trong thời hạn 20 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị hợp lệ, Ủy ban nhân dân tỉnh căn cứ Tờ trình của Sở Nội vụ chấp thuận hoặc không chấp thuận việc thành lập tổ chức tôn giáo. Trường hợp không chấp thuận phải trả lời bằng văn bản và nêu rõ lý do.
Bước 4: Trả kết quả tại Ban Tôn giáo - Sở Nội vụ tỉnh Ninh Bình.
Cách thức thực hiện: Trực tiếp tại Ban Tôn giáo - Sở Nội vụ tỉnh Ninh Bình hoặc qua đường bưu điện.
Thành phần, số lượng hồ sơ:
* Thành phần hồ sơ:
- Văn bản đề nghị thành lập tổ chức tôn giáo trực thuộc (Mẫu B7 - Thông tư số 01/2013/TT-BNV ngày 25/3/2013);
* Số lượng văn bản: 01 văn bản.
Thời hạn giải quyết: 20 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị hợp lệ.
Đối tượng thực hiện thủ tục hành chính: Các tổ chức tôn giáo hợp pháp ở Việt Nam.
Cơ quan thực hiện thủ tục hành chính:
    Cơ quan có thẩm quyền quyết định: UBND tỉnh Ninh Bình.
Cơ quan hoặc người có thẩm quyền được uỷ quyền hoặc phân cấp thực hiện: Ban Tôn giáo - Sở Nội vụ tỉnh Ninh Bình.
    Cơ quan trực tiếp thực hiện TTHC: Sở Nội vụ tỉnh Ninh Bình.
Cơ quan phối hợp: Các cơ quan, đơn vị có liên quan.
Kết quả thực hiện thủ tục hành chính:
Có Quyết định về việc chấp thuận thành lập tổ chức tôn giáo cơ sở hoặc văn bản trả lời về việc không chấp thuận cho thành lập tổ chức tôn giáo cơ sở.
Lệ phí: Không.
Tên mẫu đơn, mẫu tờ khai:
Đề nghị thành lập tổ chức tôn giáo trực thuộc (Mẫu B7 - Thông tư số 01/2013/TT-BNV ngày 25/3/2013);
Yêu cầu, điều kiện thực hiện thủ tục hành chính:
-  Có văn bản đề nghị của tổ chức tôn giáo;
- Tổ chức được thành lập thuộc hệ thống của tổ chức tôn giáo đã được Nhà nước công nhận;
- Số lượng tín đồ tại địa bàn đáp ứng điều kiện quy định tại  hiến chương, điều lệ của tổ chức tôn giáo.
Căn cứ pháp lý của thủ tục hành chính:
- Pháp lệnh tín ngưỡng, tôn giáo số 21/2004/PL-UBTVQH11 ngày 18/6/2004.
- Nghị định số 92/2012/NĐ-CP ngày 08/11/2012 của Chính phủ quy định chi tiết và biện pháp thi hành Pháp lệnh tín ngưỡng, tôn giáo.
- Thông tư số 01/2013/TT-BNV ngày 25/3/2013 của Bộ Nội vụ ban hành và hướng dẫn sử dụng biểu mẫu về thủ tục hành chính trong lĩnh vực tín ngưỡng, tôn giáo.