Trình tự thực hiện:
Bước 1: Tổ chức khi có đủ các điều kiện theo luật định có nhu cầu đăng ký hoạt động tôn giáo nộp hồ sơ trực tiếp hoặc qua đường bưu điện tới Ban Tôn giáo - Sở Nội vụ tỉnh Ninh Bình; Địa chỉ: Số 19, đường Trần Hưng Đạo, phường Đông Thành, thành phố Ninh Bình, tỉnh Ninh Bình, trong giờ làm việc hành chính các ngày trong tuần theo quy định của Nhà nước (trừ ngày nghỉ, ngày lễ theo quy định).
  Cán bộ tiếp nhận hồ sơ,  kiểm tra nội dung và tính pháp lý của hồ sơ:
-    Trường hợp hồ sơ đầy đủ, hợp lệ thì viết phiếu hẹn trao cho người nộp;
-    Trường hợp hồ sơ không đầy đủ, không hợp lệ thì hướng dẫn người nộp bổ
sung, hoàn thiện theo quy định.
Bước 2: Trong thời hạn 30 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được hồ sơ hợp lệ, Sở Nội vụ  xem xét, quyết định cấp hoặc không cấp đăng ký hoạt động tôn giáo cho tổ chức. Trường hợp từ chối cấp đăng ký phải trả lời bằng văn bản và nêu rõ lý do.
Bước 3: Trả kết quả tại Ban Tôn giáo - Sở Nội vụ Ninh Bình.
Cách thức thực hiện:
Nộp hồ sơ trực tiếp hoặc qua đường bưu điện đến Ban Tôn giáo - Sở Nội vụ tỉnh Ninh Bình.
Thành phần, số lượng hồ sơ:
* Thành phần hồ sơ:
- Văn bản đăng ký hoạt động tôn giáo;
- Giáo lý, giáo luật, lễ nghi;
- Danh sách dự kiến những người đại diện tổ chức được Ủy ban nhân dân cấp xã nơi cư trú hợp pháp xác nhận;
- Số lượng người tin theo.
* Số lượng hồ sơ: 01 bộ.
Thời hạn giải quyết: 30 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ hợp lệ.
Đối tượng thực hiện thủ tục hành chính:
Các tổ chức đã được đăng ký sinh hoạt tôn giáo ở Việt Nam có đủ điều kiện theo quy định tại Khoản 1 Điều 6 Nghị định số 92/2012/NĐ-CP ngày 08/11/2012.
Cơ quan thực hiện thủ tục hành chính:
    Cơ quan có thẩm quyền quyết định: Sở Nội vụ tỉnh Ninh Bình.
    Cơ quan hoặc người có thẩm quyền được uỷ quyền hoặc phân cấp thực hiện: Ban Tôn giáo - Sở Nội vụ tỉnh Ninh Bình.
    Cơ quan trực tiếp thực hiện TTHC: Ban Tôn giáo - Sở Nội vụ tỉnh Ninh Bình.
Cơ quan phối hợp: Không.
Kết quả thực hiện thủ tục hành chính:
Cấp Giấy chứng nhận Đăng ký hoạt động tôn giáo hoặc văn bản trả lời về việc không cấp Giấy chứng nhận Đăng ký hoạt động tôn giáo.
Phí, lệ phí: Không.
Tên mẫu đơn, mẫu tờ khai:
Đăng ký hoạt động tôn giáo (Mẫu B5 - Thông tư số 01/2013/TT-BNV ngày 25/3/2013).
         Yêu cầu, điều kiện thực hiện thủ tục hành chính:
- Có sinh hoạt tôn giáo ổn định từ hai mươi năm trở lên kể từ ngày được Ủy ban nhân dân cấp xã chấp thuận sinh hoạt tôn giáo, không vi phạm các quy định tại Khoản 2 Điều 8 và Điều 15 Pháp lệnh tín ngưỡng, tôn giáo;
- Là tổ chức của những người có cùng niềm tin; có giáo lý, giáo luật, lễ nghi, đường hướng hành đạo và hoạt động gắn bó với dân tộc, không trái với thuần phong, mỹ tục và quy định của pháp luật;
- Không thuộc tổ chức tôn giáo đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền công nhận;
- Tên gọi của tổ chức không trùng với tên các tổ chức tôn giáo đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền công nhận hoặc tên các danh nhân, anh hùng dân tộc;
- Có địa điểm hợp pháp để hoạt động tôn giáo;
- Có người đại diện là công dân Việt Nam, có năng lực hành vi dân sự đầy đủ, có uy tín trong tổ chức và nghiêm chỉnh chấp hành pháp luật.
Căn cứ pháp lý của thủ tục hành chính:
- Pháp lệnh tín ngưỡng, tôn giáo số 21/2004/PL-UBTVQH11 ngày 18/6/2004.
- Nghị định số 92/2012/NĐ-CP ngày 08/11/2012 của Chính phủ quy định chi tiết và biện pháp thi hành Pháp lệnh tín ngưỡng, tôn giáo.
- Thông tư số 01/2013/TT-BNV ngày 25/3/2013 của Bộ Nội vụ ban hành và hướng dẫn sử dụng biểu mẫu về thủ tục hành chính trong lĩnh vực tín ngưỡng, tôn giáo.